根据商标法规定，转让注册商标的，转让人和受让人应当共同到商标局办理注册商标的转让手续。如果商标在注册人不知情的情况下被转让，注册人可以向商标局去函说明情况，提供证据证实转让申请并非转让人的真实意愿，要求转受让人提供真实意愿的公证转让声明，并请求商标转让不予核准。

向商标局去函的文件材料可参考以下文件：

1.商标注册人签字或盖章的情况说明（阐述说明商标在不知情的情况下被转让） ；

2.商标注册人签字或盖章的资质证明复印件；

3.其他证据材料。