第一，保护的对象不同。商标权保护的是用于区别不同生产经营者和不同商品的商品和服务标记，如五粮液、华为、阿里巴巴等商标。著作权（版权）保护的是文学、艺术和科学领域内具有独创性的作品，如文学作品、音像作品、摄影作品等。

第二，权利产生方式不同。商标权是必须依法由国家行政机关进行审查后授予申请人，我国商标注册实行的是申请在先原则，具有唯一性。著作权是作品创作完成后，通常自动产生，如需取证，通过版权登记可以获得《著作权登记证书》。

第三，权利的时效不同。我国《商标法》规定，注册商标的有效期为十年，注册商标有效期满后需要继续使用的，按照规定办理续展手续，每次续展注册的有效期为十年，可无限次续展。但期满未办理续展手续的，注销其注册商标。而我国《著作权法》规定，作品的作者是公民的，保护期限至作者死亡之后第50年的12月31日；作品的作者是法人、其他组织的，保护期限到作者首次发表第50年的12月31日。

第四，国家主管机关和适用法律不同。商标权是国家知识产权局依据《商标法》规定对商标申请进行审查核准的，对于符合规定的商标，予以公告并下发《商标注册证》。而著作权是国家版权局（版权保护中心）依据《著作权法》规定对版权登记作品进行审查，对于符合规定的作品，核准下发《著作权登记证书》。